В январе 2003 года, выполнением рейса Якутск-Москва, открылась новая страница в истории развития гражданской авиации Якутии. На базе двух, более старых компаний, была образована новая российская региональная авиакомпания "Якутия", которая сегодня является основным перевозчиком в Северо-Восточном регионе страны.

"Якутия" - единственный крупный авиаперевозчик республики Саха. В первое время самолеты авиакомпании обслуживали внутренние рейсы и только гораздо позднее вышли на международные маршруты, соединившие Россию с некоторыми странами СНГ, Европы и Азии.

Главный порт приписки авиакомпании - городской аэропорт "Якутск". Основным московским хабом для самолетов "Якутии" стал аэропорт "Внуково". Кроме того, перевозчиком сформированы несколько дополнительных авиаузлов на базе Краснодарского и Иркутского аэропортов.